El juez Bonadío es uno de los jueces federales que más causas afrontó en su contra en el Consejo de la Magistratura. Entre los años 2000 y 2012 acumuló un “prontuario” de 47 causas entre las que se incluyen denuncias por presunto mal desempeño de sus funciones, incumplimiento de los deberes de funcionario público, amenazas, violación de las garantías constitucionales, manipulación de la investigación e incumplimiento de las garantías de defensa en juicio.
Pero más allá de su dudoso desempeño como funcionario del poder judicial es posible rastrear en el pasado detalles todavía más polémicos en la vida del juez que se sumó en la cruzada judicial que busca esmerilar la figura de la ex presidenta de la Nación. La gran mayoría de las reseñas indican que en los años ’70 supo ser militante de Guardia de Hierro, aquella organización de la derecha peronista que fuera semillero de personajes tales como José Luis Manzano.
Continuando el recorrido por la línea de tiempo nos encontramos que, con el retorno del orden democrático, Bonadío se unió al FUP (Frente de Unidad Peronista), línea interna de Eduardo Vaca y Miguel Ángel Toma que por años supo dominar el aparato del PJ de Capital Federal, aliada al denunciado intendente Carlos Grosso. Siguiendo su rastro vemos que durante el auge del menemismo Vaca lo acercó al estudio jurídico de Carlos Corach. El vínculo que supo cosechar con el después ministro del Interior de Carlos Menem fue determinante para que Bonadío sea insertado al frente de un despacho de la Justicia Federal, aun cuando su carrera judicial no contaba con los pergaminos suficientes para acceder a semejante cargo.
Algunos críticos del juez federal señalan que como buen agradecido Bonadío no olvidará los favores recibidos y pagará con creces sobreseyendo a diversos funcionarios públicos del menemismo acusados por hechos de corrupción, de la talla del ex interventor del PAMI, Víctor Alderete. Por este último expediente, fue denunciado por la Oficina Anticorrupción, quien lo acusó de haber realizado manejos sospechosos en una causa judicial para beneficiar a Alderete.
En sentido similar, a principios de agosto de 2009, Bonadío era citado a declarar por el Consejo de la Magistratura acusado de “mal desempeño” por presuntas irregularidades en el trámite de una causa que investigaba créditos otorgados al grupo Yoma. Pero el hecho más controversial con el cual es recordado Bonadío quizás sea cuando el exministro de Economía, Domingo Cavallo, incluyera su nombre en una servilleta donde reposaban los nombres de jueces federales entonces afines al gobierno menemista.
